Malgré ses nombreux avantages, l’ITE présente quelques inconvénients à anticiper :​

• Budget élevé : entre 12 000 et 30 000 € selon le matériau.

• Modification esthétique de la façade nécessitant parfois un accord de la mairie (PLU).

• Épaisseur accrue des murs, pouvant réduire légèrement les débords de toit.

• Durée des travaux (2 à 3 semaines) et besoin d’un accès total aux façades.
  Cependant, ces contraintes sont compensées par une réduction moyenne de 25% des dépenses énergétiques.​